Glavni oltar (1.) je tabernakeljskega tipa z dvema čudovitima angeloma adorantoma. Med leti 1728 in 1732 ga je napravil beneški kipar Francesco Robba, ki predstavlja vrh našega baročnega kiparstva. Pozneje so doslikali še nastavek (sr. 18. st.), sedanja freska pa je delo Janeza Wolfa iz l. 1869. Simbolične figure spodaj predstavljajo Vero, Upanje in Ljubezen. Oltarna slika sv. Jakoba izvira z Dunaja in je delo dvornega slikarja Johanna G. Auerbacha (1720); pozneje je bila močno preslikana.

Kapela sv. Frančiška Ksaverja (2.) je bila prizidana cerkvi v letih 1667 do 1670. Znamenit je štukaturni okras, delo severnoitalijanskih štukaterjev (70. leta 17. st.). Oltar je iz let 1709 do približno 1715 s poznejšimi dopolnitvami; kipa bele kraljice in črnskega kralja ter tabernakelj je izklesal Padovčan Jacopo Contieri (1720/21). Sedanjo oltarno sliko (Apoteoza sv. Frančiška Ks.) je naslikal Pavel Kühnl, doma s Ceške (sr. 19. st.). Šestero oljnih slik na stenah, delo neznanega avtorja (okr. 1720), prikazuje prizore iz Frančiškovega življenja.

Oltar Marijinega vnebovzetja (3.) je verjetno iz 2. desetletja 18. st. Kipa sv. Joahima in sv. Ane je izklesal Jacopo Contieri 1720, skupino Marijinega kronanja v atiki pa Francesco Robba. Kamnoseška dela je pri sedmih oltarjih (št. 2, 3, 4, 5, 6, 7 in 8) opravil Luka Mislej. Oltarna podoba (Marijino vnebovzetje) je delo Mateja Langusa (1822).

Oltar sv. Ignacija Lojolskega (4.) je iz let 1713-1714. Kipa sv. Stanislava in sv. Alojzija je izklesal Angelo de Putti (Pozzo), doma iz Padove. V atiki je skupina sv. Trojice. Oltarno sliko sv. Ignacija je leta 1714 naslikal beneški slikar Nicollo Bambini. Nad orglami je slika sv. Alojzija neznanega avtorja.

Oltar sv. Ane (5.) je bil začet 1723. Kipa sv. Marije Magdalene in sv. Katarine je izdelal Francesco Robba, oltarno sliko (sv. Ana z Marijo in sv. Joahimom) pa l. 1724 Benečan Bartolomeo Liberi. V atiki je slika sv. Urha, škofa, na mizi pa slika smrt sv. Uršule, ki jo je l. 1901 naslikal Ivan Grohar.

Oltar sv. Janeza Nepomuka (6.) je l. 1721 začel Francesco Robba, kipa sv. Roka in sv. Florijana pa je šele l. 1764 napravil Franc Rotman, zadnji iz vrste beneških kiparjev na Kranjskem. Avtorja oltarne podobe (Marija z Janezom Nepomukom (30. ali 40. leta 18. st.) in slike japonskih mučencev jezuitov v atiki nista znana. Relikvije sv. Feliksa, shranjene v stekleni omari nad mizo, so l. 1858 prinesli iz rimskih katakomb.

Oltar angelov varuhov, (7.) začet 1721, s kipoma angelov Gabrijela in Rafaela ter z reliefom Mihaela v atiki, je izklesal Francesco Robba. Oltarno sliko (Angel varuh) je naslikal Bartolorneo Liberi (? 1732); slika Srca Marijinega pa je delo Josefa Planka iz 1. 1860.

Oltar sv. Jožefa (8.) je iz l. 1716. Kipa sv. Dizma in sv. Barbare sta delo Angela de Puttija, prav tako relief v atiki s prizorom Marijine zaroke. Oltarno podobo (Smrt sv. Jožefa) je naslikal Franc Karel Remb l. 1715, sliko Srca Jezusovega pa l. 1860 Josef Plank.

Oltar žalostne Matere Božje (9.): oltarna arhitektura izvira iz začetka 18. st. Skupina Pieta je iz 19. st., prav tako slika Roženvenske Marije (Josef Plank, 1860).

Oltar sv. Križa (10.) je pendant oltarju Žalostne Matere Božje in je iz istega časa; Križani izvira iz 19. st., enako slika Žalostne Matere Božje (Josef Plank, 1860).

Slike Križevega pota je leta 1849 naslikal Pavel Kühnl.

Prižnica je delo kamnoseka Ignaca Tomana iz let 1864-1867; narejena je iz nabrežinskega marmorja.

Stropne freske. Na banjastem oboku v ladji in prezbiteriju so v štirih medaljonih upodobljeni prizori iz življenja zavetnika cerkve: Poklicanje sv. Jakoba za apostola, Spremenjenje na gori, Jakobovo mučeništvo ter njegovo poveličanje. Freske so delo Jurija Šubica iz leta 1886.

Za pročelje cerkve je ljubljanski kipar Ivan Zajec v času prenovitve po potresu 1895 napravil visoki relief s prizorom Spremenjenja na gori.

V naši cerkvi najdete poleg Marijinih in Jezusovih, tudi slike in kipe različnih svetnikov, na katere se lahko obračamo v naših potrebah. Kje se nahajajo najdete pri opisih oltarjev, tu pa je abecedni seznam z datumom godu in zaznamki zavetnik česa je posamezni svetnik: