Ljubljano so uničevali pogosti požari. Zaradi slabo speljanih dimnikov in nepazljivosti so pogorele številne lesene hiše, krite s skodlami, v predmestjih pa s slamo. O pogostosti požarov pričajo arhivski viri. Leta 1654 je npr. zgorel leseni Čevljarski most z lopami. Požar septembra 1660 je v bližini Karlovških vrat uničil okrog petnajst lesenih hiš. Takrat je bila velika nevarnost, da bi ogenj zajel cesarsko smodnišnico na Gradu, kamor so padali ogorki. Ljudje so v obupu bežali iz mesta in so se v stiski obračali k sv. Florijanu. Po tem požaru so se zaobljubili, da bodo na pogorišču mestnega senika postavili cerkev sv. Florijana. Mestni magistrat je leta 1666 odstopil zemljišče in obljubil gradbeni material. Dovoljenje za gradnjo cerkve je izdal ljubljanski škof Jožef grof Rabattaa 27. julija 1671, magistrat pa 7. avgusta istega leta. Takrat so tudi začeli voditi knjigo dobrotnikov, za kar je bil zadolžen stolni župnik. Škof Rabatta je dovolil, da se smejo za novo cerkev v mestu in zunaj mesta pobirati darovi.
Cerkev so začeli graditi aprila 1672. Ljubljanski škof Jožef grof Rabatta je 7. julija 1672 vodil procesijo iz stolne cerkve sv. Nikolaja na gradbišče bodoče cerkve sv. Florijana, kjer je blagoslovil temeljni kamen. Maševal je v šotoru. Slavnostni govor je imel kapucin p. Alojzij. Kapucin p. Janez Svetokriški je ob prvem godu sv. Florijana (4. maja) z veliko gorečnostjo spodbujal Ljubljančane h končanju cerkve in k čaščenju sv. Florijana.
Graditev cerkve so omogočili magistrat, deželni stanovi in darovi Ljubljančanov. Magistrat je odstopil zemljišče za cerkev in zagotovil gradbeni material. Pomembno vlogo pri pripravah za gradnjo cerkve sta imela mestna župana Ivan Reringer ter Janez Marija Piškon. Cerkev so gradili v času župana Janeza Krstnika Dolničarja, ki si je poleg stolnega župnika in kanonika Ivana Marka Rosettija največ prizadeval za gradnjo cerkve. Gradnja je le počasi napredovala. Župan Janez Krstnik Dolničar je 27. junija 1676 brezobrestno posodil 100 goldinarjev, da bi pospešil delo. Knjiga dobrotnikov omenja, da je 4. avgusta 1679 ljubljanski magistrat podaril 16260 opek. Med dobrotniki je bil tudi župan Gabrijel Eder pl. Edenburg, ki je dal leta 1680. na svoje stroške zgraditi cerkveni zvonik.
Na Valvasorjevi upodobitvi Ljubljane iz leta 1679 je cerkev sv. Florijana še brez stolpa in brez stranskih kapel. Ljubljanski kronist Janez Gregor Dolničar je zapisal, da so se iz zvonika že leta 1680 začeli oglašati zvonovi in ura, ki je imela na kazalcih v latinščini tele napise: Una ex his. - Quae nocet, docet. - Hora qua non putatis. (Ena od teh. - Kar škodi, uči. - Ob uri, ki je ne veste.)
Škofija je dovolila na Veliki teden 1686 postavitev božjega groba v cerkvi sv. Florijana. Stolnemu župniku so naročili, naj primerno uredi prostor za postavitev tabernaklja, niso mu pa dovolili bogoslužnih obredov in običajne procesije.
Ivan Vrhovnik je v obširnem opisu cerkve sv. Florijana v reviji Življenje in svet na str. 585 leta 1930 zapisal: "Leta 1696. je bila cerkev sv. Florijana posvečena z velikim in dvema stranskima oltarjema vred."
Ko je namesto načrtovane kapele v drugi polovici 17. stoletja zrasla cerkev sv. Florijana, so jo Ljubljančani poimenovali cerkev "na pogorišču". Sredi 18. stoletja in najbrž tudi že prej se je imenoval tisti del Starega trga, kjer stoji cerkev sv. Florijana, Visoki trg. Okolico cerkve so imenovali Pri sv. Florijanu, nekdanji Rebri ali sedanji Ulici na Grad pa so rekli Za sv. Florijanom. Nemški občinski zastopniki so leta 1876 hoteli ulico preimenovati v Laudonovo, vendar je staro ime sv. Florijan zmagalo. Florijanska ulica je še prva leta po 2. svetovni vojni segala od nekdanjih Pisanih (Karlovških) vrat do mestne dekliške šole (sedaj osnovne šole Janeza Levca). 4. junija 1952 je Mestni ljudski odbor sprejel sklep o preimenovanju ulice sv. Florijana v Gornji trg.
Znotraj mestnega obzidja v Ljubljani je bila do preureditve cerkvene uprave pod cesarjem Jožefom II. (1780-1790) samo stolna župnija sv. Nikolaja. Stolni župniki so vodili knjigo dobrotnikov cerkve sv. Florijana in skrbeli, da so se z dovoljenjem škofije izdanim prvič 3. oktobra 1693, opravljale procesije iz stolnice k Sv. Florijanu. Ko so pestile Ljubljančane epidemije, povodnji in vojne nevarnosti, so prirejali procesije k Sv. Florijanu iz stolnice.
Župnija Sv. Jakoba je bila ustanovljena šele leta 1785. Župnijski okoliš Sv. Jakoba se je prilagodil župnijskemu središču. Ne vemo zagotovo, kdaj je prešla cerkev sv. Florijana v upravo šentjakobskega župnika. Leta 1793 so šentjakobski župniki začeli opravljati ustanovne maše cerkve sv. Florijana, češ da nikakor ni proti namenom in željam pobožnih ustanoviteljev, saj je florijanska cerkev podružnica šentjakobske.
Cerkev sv. Florijana so gmotno podprle mnoge ustanove. Beneficije so ustanovili: dr. med. Andrej Compter (1682); Volbenk Žiga Stroblhof, graščak na Bokalcah (umrl 1707), trgovec Matej Demšar, spovednik loških klaris Bernard Ignacij Upar. Ta beneficij je leta 1796 užival tudi Valentin Vodnik, ki je bil hkrati šentjakobski kaplan. Pri Sv. Florijanu je bil tudi Raabov beneficij.
Cerkev je bila ob požaru leta 1774 zelo poškodovana. Zvonik je izgubil streho, zvonovi so se stopili. Poškodovana je bila cerkvena oprava: oltarji, orgle, okna in tlak. Mestni magistrat je sklenil po tem velikem požaru podreti stavbi jezuitskega kolegija in cerkev sv. Rozalije v tedanji Rebri na grajskem pobočju. Sklenili pa so obnoviti cerkvi sv. Jakoba in sv. Florijana.
Vsa popravila v cerkvi sv. Florijana so stala 1603 goldinarjev, 44 kron in 2 vinarja. Leta 1774. so v Ljubljani za obnovo te cerkve pobirali "požarni" davek. Zvonik so za silo pokrili in je takšen ostal 66 let. Šele v pozni jeseni leta 1840 je dobil novo streho. Obrtniška dela je opravil Karel Koschier za 700 goldinarjev. Darovi za obnovo so bili zbrani na pobudo cerkvenega ključarja Antona Samasse.
Meščani so dali v spomin na ta veliki požar vliti zvon, ki tehta 663 kg. Zvon ima dva latinska napisa, ki se glasita v slovenščini: Ko je bil uničil požar 28. junija leta 1774 to cerkev in z njo 140 hiš, me je prelil Ivan Reidt na čast sv. Florijana v Ljubljani. - Zmagal je lev iz rodu Judovega, korenina Davidova, aleluja. Glejte križ Gospodov, bežite nasprotniki!
Meščani so po požaru leta 1774 kupili zvon za grajski stolp. Visel je v stolpu, kjer je mestna ura. Nabirka za zvon v grajskem stolpu je prinesla toliko, da je ostalo še 100 goldinarjev. Denar so namenili za popravilo stolpa pri Sv. Florijanu. Meščani so skupaj z magistratom naredili trojno obljubo v spomin požarnega leta 1774 in v zahvalo, da bo bili drugi deli mesta obvarovani. Sklenili so, da naj bi na gradu vsak večer zvonilo in vabilo k molitvi (pozimi ob 20. uri, sicer pa ob 21. uri). Tako so do leta 1850 vsak večer zvonili v čast sv. Florijanu. Ljubljanski škof Anton Alojzij Wolf je 29. aprila 1853 dovolil za cerkev sv. Florijana nakup dveh novih zvonov in hkrati obljubil, da ju bo prišel blagoslovit. Zvonova je ulil livar Samassa.
Leta 1702 so se za cerkev sv. Florijana zanimali redovniki pavlinci, ki so se želeli naseliti v Ljubljani, vendar škofija njihovi prošnji ni ugodila.
Slovenski jezuiti so si želeli, da bi dobili svojo redovno hišo na slovenskih tleh. Po ponovni vzpostavitvi reda leta 1814, so se najprej leta 1870. naselili v Repnjah. Toda kranjsko deželno predsedstvo je 18. junija 1873 ukazalo repenjskim jezuitom, da morajo oditi iz dežele, "ker nimajo pisnega dovoljenja za naselitev." Jezuiti so morali 24. oktobra 1873 Repnje zapustiti.
V maju leta 1884, je bil nemški jezuit majniški pridigar v ljubljanski stolnici. Naslednjega leta je novi škof Jakob Missia poklical dva jezuita za pridige v stolnico. Eden je prevzel postne govore, drugi pa majniške. Leta 1886, so za postne govore povabili v stolnico polega nemškega tudi slovenskega jezuita. Obisk pri pridigah patrov jezuitov je bil velik in škof je dobival prošnje, naj bi se jezuiti spet naselili v Ljubljani.
Škof Missia je kupil jezuitom hišo pri sv. Florijanu (danes Ulica na Grad 2) in jim dodelil cerkev sv. Florijana. V novo hišo pri Sv. Florijanu so se naselili 12. novembra 1887. Ob koncu leta je bilo v njej že sedem jezuitov: dva nemška patra in trije slovenski ter dva redovna brata. Nemška patra sta se držala doma, slovenski pa so vodili misijone po deželi.
Jezuitska hiša pri Sv. Florijanu je delovala v zelo skromnih razmerah. Poleg škofa so jo podpirali še župniki, ljubljanski frančiškani in uršulinke. Prebivalstvo na območju Sv. Florijana je bilo slovensko. Na god sv. Ignacija, ustanovitelja Družbe Jezusove, je v cerkvi sv. Florijana leta 1888 pridigal tajnik škofa Missie Jože Šiško, ki je postal ljubljanski stolni kanonik. Govor je v celoti objavila Zgodnja Danica, in sicer v letu 1889, ki ga je imel dr. Josip Lesar, profesor svetega pisma.
Cerkev sv. Jakoba je bila po potresu 14. aprila 1895 zaprta več kot dva meseca, cerkev sv. Florijana pa je ostala nepoškodovana. Komisija je dovolila, da se bogoslužje v tem času opravlja v tej cerkvi. Ker pa je bila premajhna, so imeli mašo na Šentjakobskem trgu. Tu so daritev opravljali na oltarju, ki je najprej stal pod baldahinom, nato pa v majhni leseni kapeli. Ljudje so ostali na prostem. Duhovniki so pri Sv. Florijanu spovedovali in obhajali od 14. aprila do 22. junija 1895. Za jutranji blagoslov in za večerne litanije so Sv. Rešnje Telo nosili v malo leseno kapelico.
Jezuiti so brž spoznali, da prostor pri Sv. Florijanu zanje ni primeren; pretesna hiša je onemogočila razvoj, cerkev pa je bila preblizu župnijske cerkve sv. Jakoba. Leta 1896. so začeli graditi novi dom na Poljanah. Od Sv. Florijana so se poslovili 7. novembra 1897 in se naselili v prostorih nove hiše na Poljanah.
Žalostna Mati Božja je gotovo imela večjo privlačno moč kot cerkveni zavetnik sv. Florijan. Med Ljubljančani je bilo češčenje Žalostne Matere Božje od nekdaj priljubljeno. Skoraj vse ljubljanske cerkve so imela oltarje posvečene Mariji sedem žalosti.
Pri Sv. Florijanu so jo začeli častiti leta 1693. Ljubljanski kronist Janez Gregor Dolničar poroča, da je 8. maja 1693. pred podobo, ki je visela na steni ob glavnem oltarju, nenadoma spregledal slepi Lenart, kuhar turjaškega kneza Auersperga, po rodu iz Gradca. Ljubljančane je zelo prevzela ta radostna novica. Po tem čudežnem dogodku so sliko obesili na steno pod korom. Vsak večer se je okrog milostne podobe zbirala množica vernikov in molila lavretanske litanije.
V protokolu ljubljanske škofijske pisarne je zapisano, da je bilo 3. oktobra 1693 izdano dovoljenje za procesijo k Žalostni Materi Božji pri Sv. Florijanu. Zavrnjena pa je bila prošnja za dne 24. januarja 1694, v kateri so prosili častilci Žalostne Matere Božje za dovoljenje za postavitev oltarja Žalostne Matere Božje v cerkvi sv. Florijana.
Češčenje Žalostne Matere božje pri Sv. Florijanu se je zelo razširilo v času ljubljanskega škofa Ferdinanda grofa Kuenburga (1701-1711). Kronist Janez Gregor Dolničar je florijansko sliko Žalostne Matere Božje uvrstil med najbolj znane slovenske milostne podobe. Abraham a Sancta Clara (1644-1709) pa ji je v svoji hvalnici "kranjskemu narodu" priznal prvo mesto. Ta ljudski pridigar iz reda bosonogih avguštincev je deloval v Augsburgu, Gradcu in zlasti na Dunaju.
Marijino češčenje v cerkvi sv. Florijana pa so najbolj spodbujala številna čudežna ozdravljenja, ki so se godila pred njeno milostno podobo. V letih 1706 in 1714 naj bi jih bilo kar 37. Ljubljančani so hiteli k milostni podobi ob različnih preizkušnjah.
Leta 1704 je v Avstriji pretila vojna nevarnost. Cesar Leopold I. je bil v sporu s Francozi in Bavarci. Svojemu sinu je hotel zagotoviti španski prestol. Ljubljančani so na cvetni petek 14. marca 1704 v veliki procesiji poromali k Žalostni Materi Božji in prosili za mir. Procesijo je vodil škof Ferdinand grof Kuenburg. Prisostvovala ji je številna duhovščina in domače plemstvo. Slavnostni govornik je bil Ljubljančan, jezuit Filip Hoffstetter. Še danes je na cvetni petek maša pri oltarju florijanske Žalostne Matere Božje.
Deželo je leta 1704 in 1705 pestila suša. Ljubljančani so se množično udeležili procesije k florijanski Materi Božji. Ob hudih povodnjih so se leta 1714 priporočali meščani pred milostno podobo. Tudi ob epidemiji kuge so se Ljubljančani udeležili 9. maja 1715 velike spokorne procesije, ki se je napotila iz stolnice k Sv. Florijanu. Procesije se je udeležil celo deželni glavar grof Kobencel z veliko plemstva. Spokorne procesije za odvrnitev kužnih bolezni so prirejali Ljubljančani k Žalostni Materi Božji pri sv. Florijanu tudi v letih 1713 in 1732.
Popularnost Žalostne Matere Božje pri Sv. Florijanu dokazuje tudi vrsta po tej sliki posnetih podobic od baroka do danes. Veliko zbirko hrani ljubljanska Semeniška knjižnica. Med temi je še posebej zanimiva skupina iz 18. stoletja, ki kaže Kundiškovo sliko, ob njej pa napise v štirih jezikih: španskem, angleškem, francoskem in italijanskem.
Značilna slovenska varianta španskega tipa, imenovanega "la Soledad", je za nekaj časa postala najslavnejša milostna podoba pri nas. K njej so hitele množice, ker je bilo poudarjeno Marijino sotrpljenje z Božjim Sinom. Upodobitve Žalostne Matere Božje tipa "La Soledad", ki so nastale od druge polovice 17. do druge polovice 19. stoletja, je mogoče najti tudi v drugih slovenskih cerkvah in samostanih. Pri ljubljanskih uršulinkah jih je Veider naštel sedem, med njimi tudi Reinwaldtovo in Langusovo iz leta 1854. Servitsko varianto "La Soledad" kot so jo prikazovali ti redovniki, imajo na Žalostni gori nad Mokronogom, posnetek je tudi upodobitev na hišnem oltarčku z Žalostno Materjo Božjo in mrtvim Kristusom v uršulinskem samostanu pri Sv. Duhu v Škofji Loki.
Častilci Žalostne Matere Božje so se 7. aprila 1713 množično udeležili velike procesije k svoji priprošnjici pri Sv. Florijanu, ko je meščanom grozila epidemija kuge. Ob oltarju Žalostne Matere Božje so ustanovili bratovščino, da bi se združeni priporočali za Božjo pomoč in Marijino varstvo. Takoj na začetku se je v bratovščino vpisalo 200 članov. Bili so iz različnih stanov, o čemer govore o njih ohranjeni zapisi.
Na prvem listu rokopisne bratovščinske v knjigi "Liber benefactorum qui ad capella Labaci in Altenmarkt Sancto Floriano" iz leta 1671, ki jo hrani Nadškofijski arhiv v Ljubljani, je znamenita akvarelna veduta Ljubljane. V usnje vezana knjiga ima na platnicah vtisnjen simbol Žalostne Matere Božje z mrtvim Jezusom v naročju, srce ji prebada meč. Na začetku knjige je v latinščini molitev k priprošnjiku sv. Florijanu in uvodno pismo generalnega vikarja ljubljanske škofije Filipa Terpina, napisanega 20. avgusta 1671.
Druga, v usnje vezana knjiga iste bratovščine, je iz leta 1718, medtem ko so zadnji bratovščinski zapiski iz leta 1784. V usnjene platnice je vtisnjeno srce, prebodeno z mečem. Pri črki A je nekaj strani iztrganih. Bratovščina je obstajala do leta 1786. Šentjakobski župnik Janko Barle je leta 1910 in 1912 ustanovil Marijini družbi za dekleta in žene, ki sta imeli svoje shode pri Sv. Florijanu. Tu je delovala tudi nemška florijanska dkongregacija, ki je postala slovenska 10. junija 1919. Prvi voditelj kongregacije je bil šentjakobski župnik Janez Rozman (1881-1909). Od jeseni 1919 so imele članice shode v kongregacijski dvorani na Florijanski 15. Kongregacija je imela v letih 1919-1937 od 30 do 40 članic. Iz tega obdobja se je ohranila kronika, ki je danes v Nadškofijskem arhivu v Ljubljani.
Šentjakobski župnik dr. Stanislav Perčič je v času svojega delovanja (v letih 1965-1982) skrbno obnavljal cerkev. Znotraj je bila prebeljena leta 1978. Dr. Stanislavu Perčiču ni uspelo, da bi odstranil akacijo, ki je prezbiteriju cerkve delala veliko škodo. Šele poznejšemu župniku p. Francetu Zupančiču je leta 1984 mestna občina dovolila odstranitev drevesa. Leta 1989 je bil obnovljen Robbov kip sv. Janeza Nepomuka. Kip krasi vdolbino nekdanjega, do leta 1933 glavnega vhoda v cerkev. Obnovo kipa je omogočil Dare Simončič, tedanji lastnik restavracije Marco Polo pri Amerikancu. Leta 1994 je bila obnovljena zakristija, in sicer z namenom, da bi dobila cerkev primernejši prostor za nastopajoče. V letih 1994-1995 pa je bila obnovljena fasada in cerkevni stolp, ki so ga prekrili z bakreno pločevino.
V oltarnem nastavku je oljna slika Andreja Herrleina (1738-1817), ki na tradicionalen način predstavlja sv. Florijana. Delo je podpisano in datirano z letom 1786. Viktor Steska omenja v knjigi Slovensko slikarstvo (1927), da je bila v cerkvi tudi Herrleinova slika sv. Rozalije iz leta 1789. Oltarni nastavek je lesen in je iz časa nastanka Herrleinove slike. Bil pa je v 19. stoletju dvignjen, dodan mu je bil tabernakelj in tako je oltar dobil nenavadno visok nastavek. Ob tem povišanju pa je bila oltarna celota na novo poslikana. Ob straneh sta skulpturi apostolskih prvakov sv. Petra in Pavla, v atiki pa je kiparska skupina Sv. Trojice z angelom ob strani.
Kundiškova slika Žalostne Matere Božje je najprej visela na steni ob glavnem oltarju. Po čudežnem dogodku 8. maja 1693, ko je pred milostno podobo spregledal slepi Lenart, so sliko obesili na steno pod korom. Ko so leta 1704. postavili v desni kapeli oltar, so sliko preselili tja. Iz te kapele so milostno podobo preselili na glavni oltar. Tačas je na oltarju v desni kapeli zavzemala njeno mesto Herrleinova slika sv. Rozalije, ki je danes v župnišču. Kundiškovo podobo so leta 1925 po obnovitvi notranjosti cerkve preselili iz glavnega oltarja na oltar v desni kapeli, kjer je bila prvotno. Na prvotnem mestu je prišla milosta podoba Žalostne Matere Božje zopet do veljave.
Napis na predeli se glasi: DoLorosa et gLorIosa DeIpara InerCeDe pro nobIs, kar pomeni Žalostna in slavljena Božja porodnica posreduj za nas (1704). Oltar, na katerem prevladujejo črni marmorji, je kamnoseško delo iz delavniškega nasledstva ljubljanskega kamnoseka Mihaela Kuše (u. 1699). Plemiški grb dobrotnikov, ki so dali postaviti oltar, je ohranjen v njegovem zgornjem delu. Rdečevišnjevo polje je razdeljeno na štiri dele; na nasprotnih si dveh rdečih četrtinah je po en stoječ lev, na višnjevih dveh pa po ena cvetica (lilija). Za oltar so prispevali tudi drugi dobrotniki. Smledniška baronica Marija Terezija, ki je umrla 1706. je volila za novi oltar 50 goldinarjev.
Na Kundiškovi sliki spodaj beremo: MARIA MATER DOLOROSA, na stebru levo pa KVNDISC... Okvir slike je pasarsko delo 2/4 iz 18. stol. Viktor Steska (Slovensko slikarstvo, 1927, str. 25) piše: "Tomaž Kundišek je naslikal 1639 sliko Žal. M. B. pri Sv. Florijanu v Ljubljani." Ker se ta priimek nahaja v 17. stol. v Krškem, smemo sklepati, da je bil iz Krškega. V atiki je oljna slika: Putta pridržujeta Veronikin prt, delo je morda iz časa nastanka oltarja.
Kundiškova slika je značilna varianta španskega tipa, imenovanega "la Soledad." Marija je upodobljena v doprsnem izrezu in s krčevito sklenjenimi rokami; sklonjeno glavo ji pokriva črna oglavnica, v prsi ima zaboden meč, glavo ji obdaja sij, za njo sta pred nevtralno ozadje postavljena križ in steber, na parapetu pred njo leži orodje Kristusovega trpljenja. Slikar se je zgledoval pri eni tistih španskih podob, ki so prišle k nam v času protireformacije in so pustile prve sledove že pred nastankom Kundiškove slike.
V desni kapeli je lesen kip sv. Antona Padovanskega, ki je delo frančiškanske rezbarske delavnice iz 1. polovice 18. stoletja. Prvotno je kip stal na Čevljarskem mostu. V cerkev sv. Florijana so ga prenesli leta 1841 in je v kapeli Žalostne Matere Božje od leta 1925, kamor so ga postavili po obnovitvi cerkve.
V atiki je napis: VVLnerato/ ChrIsto/ DoLorVM VIro/ pVrpVrato regI Vestro//. Ranjenemu Kristusu, možu bolečin, vašemu kralju v škrlatu (1743). Oltar je izdelan v štukolustru, kar pomeni, da je lesen in prevlečen z barvnim mavcem, s čimer ustvarja vtis kamnite celote. Ob njem so častili v baroku razširjeno pobožnost ranjenega Jezusovega levega ramena. Češčenje podob Žalostne Matere Božje in trpečega Jezusa, potrjujejo po njih nastale podobe za zasebno pobožnost.
Na menzi sta kamnita kipa sv. Boštjana in sv. Roka. Do potresa, leta 1895, sta krasila portal hiše, kjer je v prvi polovici 18. stoletja živel in deloval Luka Mislej, kasneje pa njegov zet Francesco Robba. Hiša je stala v Rožni ulici, po potresu pa so jo morali podreti. Takrat sta bila kipa prenesena v cerkev sv. Florijana.
Stranski desni oltar je prislojen na desni strani slavoločne stene. Na predeli oltarja piše: anDreas reVen CIVis et pIstor/ et VXor anna LabaCenses aLtare/ hoCc (sic!) praeLIbatIs sanCtis Dei fIerI CVraVerant//. Andrej Reven, meščan in pek in žena Ana, Ljubljančana, sta poskrbela, da se napravi ta oltar dobrotnim srednikom Božjim (1691). Andrej Reven je živel v hiši na Florijanski 8 (današnji Gornji trg) od leta 1688 do 1700. V atiki je slika sv. Ane z Marijo in Jezusom. Ker je v atiki slika sv. Ane, bi pričakovali v oltarnem nastavku sliko sv. Andreja, kakor se imenujeta zakonca donatorja. Nekoč je bila v oltarni niši slika sv. Volberka. Oltar sodi med tipične izdelke kamnoseške delavnice, ki jo je v 80-ih letih 17. stoletja ustanovil kamnosek Mihael Kuša (ok. 1657-1699). Delavnica je bila v bližini današnje Gruberjeve palače; v njej so izdelovali prve primerke kamnitih črnih oltarjev, okrašenih z manjšimi barvnimi kamni, prižnice, lavaboje in portale. Predvsem kamniti oltarji so bili za Kranjsko v tistem času novost. Omenjeni oltar je izdelan iz črnega kamna in okrašen z barvno inskrustacijo. Na prednji strani menze opazimo motiv rozete, ki jo tvorijo barvni kamenčki.
Na kamnitem črnem oltarju je sedaj kip Ecce homo, sem prinešen s prejšnjega Hradeckega mostu (sedaj Čevljarski most) leta 1841. Nekdaj so bili ljubljanski mostovi okrašeni s svetniškimi kipi. Znani pisatelj iz Napoleonove dobe Charles Nodier omenja v opisu Ljubljane tudi njene tri mostove - tedaj še ni bilo šentjakobskega - in pravi, da so zanimivi zaradi svojih svetniških podob in pobožnih znamenj, ob katerih se vedno zbira veliko ljudi k molitvi. Na Čevljarskem mostu sta stala tudi kipa sv. Antona Padovanskega in sv. Janeza Nepomuka. Ko so se odločili za graditev novega mostu, so mestni možje dolgo ugibali, kam s kipi, dokler nista magistrat in škofija sprejela nasvet šentjakobskega župnika Ivana Pohlina, naj se vsi trije kipi premestijo v cerkev sv. Florijana, kar se je zgodilo leta 1841.
Oltar sv. Kozma in Damijana je na levi strani slavoločne stene. Sodeč po oblikovanju menze, je bil tudi levi stranski kamniti črni oltar delo iste delavnice in iz časa nastanka kot desni.Toda oltarni nastavek je v 60-70-ih letih zamenjal sedanji leseni oltar, ki sodi med boljša rezbarska dela. Slika v oltarnem nastavku prikazuje sv. Kozmo in Damijana, ki zdravita bolnika in sta zavetnika zdravnikov in lekarnarjev. V atiki pa je oljna podoba sv. Apolonije, ki je zanimivo slikarsko delo iz časa nastanka oltarja, a žal neznanega, gotovo domačega slikarja. Ob straneh sta kakovostni leseni skulpturi priprošnjikov zoper kugo, sv. Boštjana in Roka.
Prižnica je iz polovice 18. stoletja in ob nastanku so ji prizidali tudi stopnice, ki vodijo nanjo.
Kip stoji v niši na desni strani cerkve. V stensko nišo so namestili prenovljeni kip, ki je prej krasil Šentjakobski leseni most.
Kip svetega Jožefa stoji v niši na levi strani ladje in je delo kiparja Franca Ksaverja Zajca (1821-1888). Sem so ga postavili 17. marca 1886.
Oljna podoba Žalostne Matere Božje ob mrtvem Sinu je slikovito delo iz 3. četrtine 18. stoletja.
Križev pot, olje na platno, brez podpisa, je delo Layerjevega epigona 2. četrtine 19. stoletja.
Prvo poročilo o orglah v tej cerkvi je v inventarju za leto 1800: "1 Orgel mit 4 Registern." Orgle omenjajo tudi inventarji za leto 1814, 1826, 1838, 1850 (s pripombo: popolnoma neuporabne). Ko je leta 1853 postavil Ferdinand Malahovsky nove orgle v šentjakobski cerkvi, so jih leta 1855 naročili tudi za florijansko cerkev. Orgle imajo igralnik ob strani, na "štajerski način"." Edine v Ljubljani imajo igralno nišo ob boku.
Ladja je tlakovana s pravilnimi pravokotnimi ploščami iz črnega podpeškega kamna, medtem ko so stranske kapele in prezbiterij šahirano tlakovani in mlajšega datuma. Stranski kapeli sta dvignjeni za stopnico, medtem ko je prezbiterij dvignjen za tri stopnice, območje oltarja pa še za eno.
Ogled podstrešja nudi nekaj odgovorov na stavbno zgodovino. Sprva je cerkev sv. Florijana sestavljala pravokotna ladja in od sedanjega manjši prezbiterij. Prvotna stavba je imela na zunanjščini podstrešni zobčast venec, ki je danes viden samo na ladji. Zazidana okna na podstrešju potrjujejo kasnejši nastanek obeh stranskih kapel. Tako je bila desna kapela Žalostne Matere Božje prizidana leta 1698, in vanjo so leta 1704 postavili kamniti oltar. Njej nasproti pa so pred letom 1743 dozidali še kapelo trpečega Jezusa, s čimer sta bila dosežena simetrija prostora. Med temi prezidavami so verjetno tudi povečali in podaljšali prezbiterij. Tudi pevski kor je kasnejši prizidek, verjetno iz 1. polovice 18. stoletja. Nosita ga dva toskanska stebra. V času nastanka prižnice je bilo prizidano še stopnišče, ki je vidno od zunaj. Ko so bile te prezidave zaključene, najbrž z dozidavo kapele Jezusovega trpljenja, so z enotnim ometom in s simsom, ki teče po vsej notranjščini, celotni prostor poenotili in tako ustvarili vtis stavbe iz enega liva. Cerkveni prostor je zasnovan tako, da sta ladja in prezbiterij tradicionalno ločeno poudarjena. Ladja je prostrana z banjastim obokom in sosvodnicami ter z dvojno oprogo v sredini.
V čas poenotenja celotne stavbe v drugi četrtini 18. stoletja lahko postavimo tudi kamnoseško zanimiv portal. Kasneje prizidan zvonik na površinah pod streho kaže prvotno poslikavo šivanega roba z železno oksidno barvo naslikanimi kvadri, poudarjenimi z grafitno sivimi progami.
Florijanska cerkev hrani tako imenovani Laudonov spominski mašni plašč s svetlomodrim poljem iz atlasa, z vdelanimi zlatimi in srebrnimi cvetlicami. Srednji del iz bogatega srebrnega vezenja, je baje nekdanji vojni trak maršala Laudona, ki je leta 1789 v vojni proti Turkom osvojil Beograd. Obroba je menda narejena iz Laudonove skuknje. Spredaj sta sredi izvezeni podobi Viktorije in marsa, spodaj sta dva neznana grba, zunanja hrbtna stran pa je okrašena z avstrijskim in ogrskim grbom. Plašč je obšit z zlatimi in srebrnimi premami in podložen z rdečim platnom. V cerkevnem inventarju je prvič omenjen leta 1822.
Med petimi kelihi, ki so jih uporabljali pri sv. Florijanu, sta zanimiva zlasti dva: kelih z baročnimi okraski, ki ga je leta 1750 podaril trgovec Matej Demšar in ki ima na kupi podobo Jezusa na Oljski gori, Križanega in Žalostno Mater Božjo, ter kelih z baročnimi cvetlicami in angelskimi glavicami. Zanimivi so tudi medeninasti posrebreni rokokojski svečniki za veliki oltar.
V šentflorjanski cerkvi je mogoče najti še poznobaročni kip iz bakrene pločevine, delo neznanega avtorja, ki spominja na španska dela 17. stoletja, za vzor pa mu je bila Kundiškova milostna podoba. Žalostna Mati Božja je upodobljena tudi na motivu Pietá, prav tako neznanega slikarja, ki je nastala po letu 1732.
V šentjakobskem župnišču je ohranjena oljna podoba sv. Lucije iz cerkve sv. Florijana, ki jo je naslikal Matej Langus (1792-1855). Njegov model je bila, kot trdi izročilo, slovenska pesnica Josipina Turnograjska.
Cerkev je bila ob požaru leta 1774 zelo poškodovana. Zvonik je izgubil streho, zvonovi so se stopili. Poškodovana je bila cerkvena oprava: oltarji, orgle, okna in tlak. Mestni magistrat je sklenil po tem velikem požaru podreti stavbi jezuitskega kolegija in cerkev sv. Rozalije v tedanji Rebri na grajskem pobočju. Sklenili pa so obnoviti cerkvi sv. Jakoba in sv. Florijana.
Vsa popravila v cerkvi sv. Florijana so stala 1603 goldinarjev, 44 kron in 2 vinarja. Leta 1774. so v Ljubljani za obnovo te cerkve pobirali "požarni" davek. Zvonik so za silo pokrili in je takšen ostal 66 let. Šele v pozni jeseni leta 1840 je dobil novo streho. Obrtniška dela je opravil Karel Koschier za 700 goldinarjev. Darovi za obnovo so bili zbrani na pobudo cerkvenega ključarja Antona Samasse.
Meščani so dali v spomin na ta veliki požar vliti zvon, ki tehta 663 kg. Zvon ima dva latinska napisa, ki se glasita v slovenščini: Ko je bil uničil požar 28. junija leta 1774 to cerkev in z njo 140 hiš, me je prelil Ivan Reidt na čast sv. Florijana v Ljubljani. - Zmagal je lev iz rodu Judovega, korenina Davidova, aleluja. Glejte križ Gospodov, bežite nasprotniki!
Meščani so po požaru leta 1774 kupili zvon za grajski stolp. Visel je v stolpu, kjer je mestna ura. Nabirka za zvon v grajskem stolpu je prinesla toliko, da je ostalo še 100 goldinarjev. Denar so namenili za popravilo stolpa pri Sv. Florijanu. Meščani so skupaj z magistratom naredili trojno obljubo v spomin požarnega leta 1774 in v zahvalo, da bo bili drugi deli mesta obvarovani. Sklenili so, da naj bi na gradu vsak večer zvonilo in vabilo k molitvi (pozimi ob 20. uri, sicer pa ob 21. uri). Tako so do leta 1850 vsak večer zvonili v čast sv. Florijanu. Ljubljanski škof Anton Alojzij Wolf je 29. aprila 1853 dovolil za cerkev sv. Florijana nakup dveh novih zvonov in hkrati obljubil, da ju bo prišel blagoslovit. Zvonova je ulil livar Samassa.